Tham khảo Metagenomics

  1. ↑ Hugenholz, P; Goebel BM; Pace NR (ngày 1 tháng 9 năm 1998). “Impact of Culture-Independent Studies on the Emerging Phylogenetic View of Bacterial Diversity”. J. Bacteriol 180 (18): 4765–74. PMC 107498. PMID 9733676. 
  2. ↑ Eisen, JA (2007). “Environmental Shotgun Sequencing: Its Potential and Challenges for Studying the Hidden World of Microbes”. PLoS Biology 5 (3): e82. PMC 1821061. PMID 17355177. doi:10.1371/journal.pbio.0050082. 
  3. ↑ doi:10.1016/S1074-5521(98)90108-9
    Hoàn thành chú thích này.
  4. ↑ doi:10.1371/journal.pcbi.0010024
    Hoàn thành chú thích này
  5. ↑ Lane, DJ; Pace B; Olsen GJ; Stahl DA; Sogin ML; Pace NR (1985). “Rapid determination of 16S ribosomal RNA sequences for phylogenetic analyses”. Proceedings of the National Academy of Sciences 82 (20): 6955–9. Bibcode:1985PNAS...82.6955L. PMC 391288. PMID 2413450. doi:10.1073/pnas.82.20.6955. 
  6. ↑ Pace, NR; DA Stahl; DJ Lane; GJ Olsen (1985). “Analyzing natural microbial populations by rRNA sequences”. ASM News 51: 4–12. 
  7. ↑ Healy, FG; RM Ray; HC Aldrich; AC Wilkie; LO Ingram; KT Shanmugam (1995). “Direct isolation of functional genes encoding cellulases from the microbial consortia in a thermophilic, anaerobic digester maintained on lignocellulose”. Appl. Microbiol Biotechnol. 43 (4): 667–74. PMID 7546604. doi:10.1007/BF00164771. 
  8. ↑ Stein, JL; TL Marsh; KY Wu; H Shizuya; EF DeLong (1996). “Characterization of uncultivated prokaryotes: isolation and analysis of a 40-kilobase-pair genome fragment from a planktonic marine archaeon”. Journal of Bacteriology 178 (3): 591–599. PMC 177699. PMID 8550487. 
  9. ↑ Breitbart, M; Salamon P; Andresen B; Mahaffy JM; Segall AM; Mead D; Azam F; Rohwer F (2002). “Genomic analysis of uncultured marine viral communities”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 99 (22): 14250–14255. Bibcode:2002PNAS...9914250B. PMC 137870. PMID 12384570. doi:10.1073/pnas.202488399. 
  10. 1 2 3 Tyson GW, Chapman J, Hugenholtz P, Allen EE, Ram RJ, Richardson PM và đồng nghiệp (tháng 3 năm 2004). “Community structure and metabolism through reconstruction of microbial genomes from the environment”. Nature 428 (6978): 37–43. Bibcode:2004Natur.428...37T. PMID 14961025. doi:10.1038/nature02340. (cần đăng ký mua)
  11. ↑ Hugenholz, P (2002). “Exploring prokaryotic diversity in the genomic era”. Genome Biology 3 (2): 1–8. PMC 139013. PMID 11864374. doi:10.1186/gb-2002-3-2-reviews0003. 
  12. 1 2 Poinar, HN; Schwarz, C, Qi, J, Shapiro, B, Macphee, RD, Buigues, B, Tikhonov, A, Huson, D, Tomsho, LP, Auch, A, Rampp, M, Miller, W, and Schuster, SC (2006). “Metagenomics to Paleogenomics: Large-Scale Sequencing of Mammoth DNA”. Science 311 (5759): 392–394. Bibcode:2006Sci...311..392P. PMID 16368896. doi:10.1126/science.1123360.  Chú thích sử dụng tham số |coauthors= bị phản đối (trợ giúp)
  13. ↑ Edwards, RA; Rodriguez-Brito B; Wegley L; Haynes M; Breitbart M; Peterson DM; Saar MO; Alexander S; Alexander EC; Rohwer F (2006). “Using pyrosequencing to shed light on deep mine microbial ecology”. BMC Genomics 7: 57. PMC 1483832. PMID 16549033. doi:10.1186/1471-2164-7-57. 
  14. ↑ Beja, O.; Suzuki, MT; Koonin, EV; Aravind, L; Hadd, A; Nguyen, LP; Villacorta, R; Amjadi, M; Garrigues, C (2000). “Construction and analysis of bacterial artificial chromosome libraries from a marine microbial assemblage”. Environmental Microbiology 2 (5): 516–29. PMID 11233160. doi:10.1046/j.1462-2920.2000.00133.x. 
  15. 1 2 Nicola, Segata; Daniela Boernigen; Timothy L Tickle; Xochitl C Morgan; Wendy S Garrett; Curtis Huttenhower (2013). “Computational meta’omics for microbial community studies”. Molecular Systems Biology 9 (666): 666. PMID 23670539. doi:10.1038/msb.2013.22. 
  16. ↑ doi:10.1371/journal.pone.0011840
    Hoàn thành chú thích này
  17. ↑ doi:10.1038/nmeth1156
    Hoàn thành chú thích này
  18. ↑ doi:10.1038/nmeth0909-623
    Hoàn thành chú thích này
  19. 1 2 3 4 5 doi: 10.1371/journal.pcbi.1000667
    Hoàn thành chú thích này
  20. ↑ Qin, Junjie; Ruiqiang Li, Jeroen Raes, Manimozhiyan Arumugam, Kristoffer Solvsten Burgdorf, Chaysavanh Manichanh, Trine Nielsen, Nicolas Pons, Florence Levenez, Takuji Yamada, Daniel R. Mende, Junhua Li, Junming Xu, Shaochuan Li, Dongfang Li, Jianjun Cao, Bo Wang, Huiqing Liang, Huisong Zheng, Yinlong Xie, Julien Tap, Patricia Lepage, Marcelo Bertalan, Jean-Michel Batto, Torben Hansen, Denis Le Paslier, Allan Linneberg, H. Bjorn Nielsen, Eric Pelletier, Pierre Renault, Thomas Sicheritz-Ponten, Keith Turner, Hongmei Zhu, Chang Yu, Shengting Li, Min Jian, Yan Zhou, Yingrui Li, Xiuqing Zhang, Songgang Li, Nan Qin, Huanming Yang, Jian Wang, Soren Brunak, Joel Dore, Francisco Guarner, Karsten Kristiansen, Oluf Pedersen, Julian Parkhill, Jean Weissenbach, Peer Bork, S. Dusko Ehrlich, Jun Wang (ngày 4 tháng 3 năm 2010). “A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing”. Nature 464 (7285): 59–65. Bibcode:2010Natur.464...59.. ISSN 0028-0836. PMC 3779803. PMID 20203603. doi:10.1038/nature08821.  Chú thích sử dụng tham số |coauthors= bị phản đối (trợ giúp)(cần đăng ký mua)
  21. 1 2 Committee on Metagenomics: Challenges and Functional Applications, National Research Council (2007). The New Science of Metagenomics: Revealing the Secrets of Our Microbial Planet. Washington, D.C.: The National Academies Press. ISBN 0-309-10676-1. 
  22. ↑ Mende, Daniel R.; Alison S. Waller, Shinichi Sunagawa, Aino I. Järvelin, Michelle M. Chan, Manimozhiyan Arumugam, Jeroen Raes, Peer Bork (ngày 23 tháng 2 năm 2012). “Assessment of Metagenomic Assembly Using Simulated Next Generation Sequencing Data”. PLoS ONE 7 (2): e31386. Bibcode:2012PLoSO...731386M. ISSN 1932-6203. PMC 3285633. PMID 22384016. doi:10.1371/journal.pone.0031386.  Chú thích sử dụng tham số |coauthors= bị phản đối (trợ giúp)
  23. ↑ doi:10.1093/bioinformatics/btt047
    Hoàn thành chú thích này
  24. ↑ Mohammed, MH; Sudha Chadaram,Dinakar Komanduri, Tarini Shankar Ghosh, Sharmila S Mande (2011). “Eu-Detect: an algorithm for detecting eukaryotic sequences in metagenomic data sets”. Journal of Biosciences 36 (4): 709–717. PMID 21857117.  Chú thích sử dụng tham số |coauthors= bị phản đối (trợ giúp)
  25. ↑ R, Schmeider; R Edwards (2011). “Fast identification and removal of sequence contamination from genomic and metagenomic datasets”. PLoS ONE 6 (3): e17288. Bibcode:2011PLoSO...617288S. PMC 3052304. PMID 21408061. doi:10.1371/journal.pone.0017288.  Chú thích sử dụng tham số |coauthors= bị phản đối (trợ giúp)
  26. ↑ Huson, Daniel H; S. Mitra, N. Weber, H. Ruscheweyh and Stephan C. Schuster (tháng 6 năm 2011). “Integrative analysis of environmental sequences using MEGAN4”. Genome Research 21 (9): 1552–1560. PMC 3166839. PMID 21690186. doi:10.1101/gr.120618.111.  Chú thích sử dụng tham số |coauthors= bị phản đối (trợ giúp)
  27. ↑ Zhu, Wenhan; Lomsadze Alex and Borodovsky Mark (2010). “Ab initio gene identification in metagenomic sequences”. Nucleic Acids Research 38 (12): e132. PMC 2896542. PMID 20403810. doi:10.1093/nar/gkq275.  Chú thích sử dụng tham số |coauthors= bị phản đối (trợ giúp)
  28. ↑ doi:10.1038/ismej.2009.88
    Hoàn thành chú thích này
  29. ↑ Huson, Daniel H; A. Auch; Ji Qi; Stephan C Schuster (tháng 1 năm 2007). “MEGAN Analysis of Metagenomic Data”. Genome Research 17 (3): 377–386. PMC 1800929. PMID 17255551. doi:10.1101/gr.5969107. 

Tài liệu tham khảo

WikiPedia: Metagenomics http://md1.csa.com/partners/viewrecord.php?request... http://www.nature.com/msb/journal/v9/n1/full/msb20... http://www-ab.informatik.uni-tuebingen.de/software... http://exon.gatech.edu/metagenome/Prediction/ http://adsabs.harvard.edu/abs/1985PNAS...82.6955L http://adsabs.harvard.edu/abs/2002PNAS...9914250B http://adsabs.harvard.edu/abs/2004Natur.428...37T http://adsabs.harvard.edu/abs/2006Sci...311..392P http://adsabs.harvard.edu/abs/2010Natur.464...59. http://adsabs.harvard.edu/abs/2011PLoSO...617288S